عقل سرخ

ملاصدرا شیعه‌مذهب و پیرو آئین دوازده‌امامی بود، به اصول و فروع دین اسلام و مذهب شیعه اعتقاد داشت. همان‌طور که در فقه شیعه چهار اصل قرآن، حدیث، عقل و اجماع برای بدست آوردن احکام بکار می‌رود، ملاصدرا نیز در مباحث عقلی تلاش وافری نمود تا این وجهه از برهان جایگاه خود را در مذهب شیعه دوباره بازیابد. 

ملاصدرا بر این باور بود که مذهب شیعه دو وجه دارد، وجه ظاهری، یعنی همان شریعت و احکام دینی، و وجه باطنی، که همان درون‌مایه و حقیقت مذهب شیعه‌است و ملاصدرا آن را عرفان شیعی می‌نامید. 

 او برای رستگاری انسان، هم شریعت و پایبندی به فرایض دین را لازم می‌شمرد و هم سیر و سلوک عرفانی برای رسیدن به حقیقت مذهب شیعه را ضروری می‌دانست. این در حالی بود که بیشتر دانشمندان قشری اصفهان، دید خوبی نسبت به عرفان نداشتند. ایشان بر این باور بودند که بسیاری از عارفان، به احکام دین اسلام پایبند نیستند و عمل به فرایض دینی را برای رسیدن به رستگاری لازم نمی‌بینند. یکی از دلایل تبعید ملاصدرا از اصفهان همین باور بود.
ملاصدرا اگرچه به عرفان باور داشت، اما کوتاهی از احکام و واجبات دین را به بهانهٔ سیر و سلوک عرفانی رد می‌کرد. با دانشمندان قشری نیز به دلیل ستیز با عرفان شیعی مخالف بود. همچنین با برخی از صوفیان که عمل به واجبات دینی را ضروری نمی‌دانستند، مخالف بود. البته برخی معتقدند ملاصدرا با ادغام فلسفه وعرفان نا خواسته راه را برای بسته شدن مسیر فلسفه ورزی در جهان اسلام فراهم کرد. 

دیدگاه ملاصدرا پیرامون تقلید:در آثار ملاصدرا ده‌ها صفحه علیه تقلید و تعصب و اهل تقلید و تعصب، مطلب وجود دارد. وی در اسفار چنین آورده که: «خداوند از تقلید نهی کرد، مقلدان را نکوهش کرد و آنان را فرمود تا در جرگه اهل اندیشه و معرفت در آیند و ایشان را بیم داد از پیروی پیشینیان و تقلید اسلاف و مشایخ گذشته».
ملاصدرا در طول زندگی علمی‌اش، دیدگاه‌های گوناگونی را پیرامون مسئلهٔ تقلید عنوان کرده‌است. گاهی آنرا با شروطی پذیرفته و گاه به کلی آنرا مردود شمرده‌است (مانند نوشتار او در کتاب المشاعر).